Вход в Ближние пещеры Киево-Печерской Лавры до середины 17-го века осуществлялся через деревянные сени с решетчатыми дверями. В период с 1638-го по 1651-й год над пещерным входом была построена церковь в честь Воздвижения Честнаго Креста. На ее месте в 1700-м году на средства полтавского полковника Павла Герцика был воздвигнут каменный храм Воздвижения Животворящего Креста Господня, сохранившийся до наших дней.
Из Крестовоздвиженского храма имеется три входа в Ближние пещеры: из притвора, бывшей трапезной (ныне храм Всех преподобных Печерских) и ризницы. Самый древний из них, вероятно, западный, ведущий из трапезной. Два других появились в результате следствие реконструкций 17-18-го веков. В 1749-м году к храму была пристроена галерея, в которой сделан еще один вход в пещеры (сегодня он преимущественно используется для паломников).
Ближние пещеры изначально состояли из трех основных коридоров, называемых улицами, связанных между собою переходами и имеющих боковые ответвления. Главной является Пещерная улица, по обе стороны которой расположены келии. К ней примыкает церковь Введения Пресвятой Богородицы во храм — древнейшая в Ближних пещерах. Улица, расположенная западнее, прорублена преподобным Марком Гробокопателем. Здесь он копал «гробы» (погребальные локулы) и хоронил усопших монахов. Некоторые чудеса, происшедшие по его молитвам в этой пещере, описаны в «Патерике Печерском».
Поворачивая налево, улица ведет к трапезной, где при преподобном Антонии братия собирались на совместную трапезу. В 1463-м году, в день Светлого Христова Воскресения на приветствие священноинока Дионисия: «Христос Воскресе!» — веками нетленно почивающие святые отозвались радостным восклицанием: «Воистину Воскресе!». Произошло это чудо здесь, в древней трапезной. Потрясенный таким чудом Дионисий вскоре ушел в затвор (его мощи покоятся в Дальних пещерах). Третий коридор ведет к церкви преподобного Антония Печерского, построенной в конце 16-м или в начале 17-го столетия, а боковое ответвление от церкви — к крипте «убиенных Батыем».
В 1691-м году Киевский митрополит Варлаам (Ясинский), бывший до этого года лаврским архимандритом, построил третью церковь в Ближних пещерах — в честь преподобного Варлаама, первого игумена Печерского. Храм был устроен в бывшей келии, но также не сохранил свой первоначальный вид. После пожара 1718-м году из поврежденного Успенского собора в пещерные церкви перенесли древние мраморные фрагменты иконостаса и портала. Павел Алеппский в своих записках приводит описание мраморных колонн древнего иконостаса Успенского собора. Согласно этому описанию, они были подобны темплонам византийских, болгарских, грузинских и других храмов 9-12-го веков.
Во Введенском и Антониевом храмах установлены по две колонны, а в Варлаамовом — косяки западного портала. Два столба в церкви преподобного Антония поставлены как подпорки, верхом вниз. На столбах видны гнезда со следами чеканки от металлических частей на трех уровнях. Очевидно, это места крепления икон, которые стояли между колоннами, и барьера парапета. Во Введенской церкви также размещены колонны, поставленные как подпорки в правильном положении. Интересно, что капители Софийского собора по диаметру тождественны либо близки верхнему диаметру колонн из церкви пеподобного Антония.
Все храмы Ближних пещер после реконструкции были расширены и перестроены. Медные позолоченные иконостасы Введенской и Варлаамовой церквей выполнил в 1814-1819-м годах киевский ювелир Федор Коробка, иконостас Антониевой церкви — Захарий и Юрий Брезгуновы. Царские врата иконостасов Введенской и Антониевой церкви утрачены. Рядом с храмами находятся келии, в которых жили подвижники. Все они были выкопаны в 12-м веке, но на планах 1638-го и 1661-го годов некоторые из них не указываются. Возможно, в тот период они были засыпаны или замурованы.
Справа и слева от входа в пещерную келию делалось два земляных уступа, один из которых служил иноку ложем, а противоположный — столом. В стенах находились ниши для иконы, свечи или лучины. В 1830-м году полы пещер были выложены чугунными плитами, изготовленными в Туле. Во время археологических исследований 1977-79-го годов за аркосолиями преподобных Нестора и Меркурия были исследованы ходы, заваленные вследствие сильного землетрясения, бывшего в 1620-м году. В частности, здесь обнаружены остатки еще одной, до сих пор неизвестной, древнерусской церкви и вырезанная на стене надпись с датой — 1150 год.
Захоронение основателя Печерской обители, преподобного Антония, находится в перекрытом завалом ответвлении пещеры. Как известно, накануне своей смерти, Святой отец попрощался с братией, и направился в пещеры. Земля за ним обвалилась. И все попытки добраться до тела преподобного Антония заканчивались неудачей – в таких случаях из завала исходили огонь и вода, таким образом Бог явно показывал, что останки его великого угодника должны оставаться недоступными.
Перед местом завала стоит гробница, на верхней крышке которой святой изображен иконописно. Прямо над гробницей икона преподобного Антония, рядом с ней на стене, справа и слева, изображения его сподвижников. Слева от «гроба» — вход в келию, где многие годы провел в непрестанной молитве первоначальник русского монашества, напротив которой устроена церковь в его честь. Мощи преподобного Антония Промыслом Божиим и по сей день остаются сокрытыми.